有点长，麻烦Zac哥了。
事情背景：
一个老的网站，已经运营多年，有不少的流量和排名。 然
后在同一个服务器上，又搭建了一个一模一样的网站，只是域名不同。
两个网站都是用asp写的，都生成了静态页面。
又运营了几年，两个网站同时都有了不少流量、排名和权重。
事情经过：
我们需要运营网站，网站原来的后台有问题，我们又没人懂asp。
因此技术人员把那个新的网站改成了php，静态变成动态。
于是网站的域名没变，指向的文件夹变成了由php写的文件夹。
首页增加了几个模块，title做了小小的改动，原来的内容没动他，其他页面内容也没变。
老的网站没有进行更改。
问题来了：
1、先是网站在百度上展现的标题，经常会回滚成旧的，过几天又变新的，如此不断反复
2、网站收录问题，新的文章完全不收录，但是查日志百度是有爬取过的，内容能确定是没问题的，有视频有文章。
3、在站长工具提交xml格式的网站地图一直失败，提示的是xml根节点错误，点进去看详细描述是说我地址不存在，但在浏览器打开是可以访问的。
4、关键词的问题，老的一模一样那个网站，经常会跟这个网站串位，搜品牌词有时候第一是这个新网站，有时候是那个旧的。
想请教的是：
造成这些问题的种种，会跟这两个一模一样的网站在同一个服务器有关吗？
还有会跟我这个新网站，从静态变成动态有关吗？有解决办法吗